在试管婴儿自然周期方案中，孕酮水平 2.6ng/ml 时一般不建议移植胚胎，原因主要有以下几点：

子宫内膜容受性：孕酮对于子宫内膜的转化和容受性至关重要。自然周期中，排卵后孕酮水平会逐渐升高，使子宫内膜从增殖期转化为分泌期，为胚胎着床做准备。一般认为，移植时孕酮水平应在合适范围内，通常要大于 3ng/ml，才能使子宫内膜达到较好的容受状态。当孕酮水平为 2.6ng/ml 时，可能提示子宫内膜转化不完全，容受性欠佳，不利于胚胎着床。

胚胎发育同步性：孕酮水平反映了体内的内分泌状态，与胚胎的发育需要同步协调。如果孕酮水平过低，可能意味着体内的激素环境与胚胎的发育阶段不匹配，无法为胚胎提供适宜的生长环境，从而影响胚胎的着床和后续发育。

不过，孕酮水平并不是判断是否可以移植的唯一指标，医生还会综合考虑患者的月经周期、排卵情况、子宫内膜厚度及形态、雌激素水平等其他因素，以及患者的具体身体状况和既往病史等，来全面评估移植的可行性，做出最适合患者的决策。